2011年,南京农业大学出台《加快建设世界一流农业大学的决定》,提出“1235”发展战略:以建设世界一流农业大学为目标;以师资队伍建设、办学空间改善为两大任务;把世界一流、中国特色、南农品质三者有机结合;做好发展、改革、特色、和谐、奋进五大篇章。
2019年12月,学校召开第十二次党代会,提出“1335”发展战略:以建成农业特色世界一流大学为战略目标,将“世界一流、中国特色、南农品格”作为发展理念,聚焦“坚持立德树人、服务国家战略、谋求师生幸福”三项重点任务,全力实施党建引领、育人固本、学科牵引、国际合作、条件支撑五大工程。